وُلد البرغوثي في قرية كوبر إلى الشمال الغربي من مدينة رام الله ، وانخرط في حركة فتح في سن الخامسة عشرة، وعند بلوغه الثامنة عشر عام 1976، اعتقل وسُجن لمدة داخل السجون الإسرائيلية، حيث تعلم اللغة العبرية خلال مكوثه في السجن، وعند إطلاق سراحه، ذهب البرغوثي إلى الضفة الغربية حيث ترأس مجلس الطلبة في جامعة بيرزيت وتخرج منها بعد أن درس التاريخ والعلوم السياسية ونال على شهادة الماجستير في العلاقات الدولية.
